全ＮＸ商事には、中央本部、支部、分会、職場の４つの組織があります。
中央本部は東京にあり、全国から選ばれた中央本部役員で構成されています。
支部は、原則として日通商事株式会社の本社、事業部、総合支店、または関連企業単位に設置され、分会は本社内部組織、営業店所、営業センターなどに対応し、職場は各拠点や部、課単位に分割して組織されています。
支部執行委員長や分会長は、上級機関の執行委員を兼務する「くさり型」の組織となっているため、職場の意見を反映させるとともに、決定事項を組合員に伝達しやすい体制となっています。
